Teyla est sur le croiseur de Michael qui se dirige vers sa base qui vient d’exploser. Avec l’aide du Dédale, Sheppard, Ronon et Rodney parviennent à sauver leur amie ainsi que son bébé avant que le croiseur n’explose laissant planer le doute sur la mort de Michael. Le docteur Keller trouve le remède pour sauver le docteur Beckett qui repart sur terre pour se reposer. Richard Woolsey qui remplace le colonel Carter tente tant bien que mal de conserver son poste en gérant les crises qui surviennent les unes derrière les autres. Daniel Jackson rejoint Atlantis pour étudier les travaux d’un Ancien appelé Janus, mais il est kidnappé avec Rodney par des Asgards qui vivent dans la galaxie de Pégase et qui veulent éradiquer les Wraiths en utilisant un appareil destiné à détruire les vaisseaux Wraiths ou à les immobiliser dans l’espace. Par la suite Michael revient sur Atlantis pour enlever Teyla et son fils, mais la jeune femme parvient à éliminer son ennemi pour de bon. Quelque temps après, Atlantis apprend qu’un vaisseau ruche équipé d’un E2PZ se dirige vers la Terre. Todd, qui a informé ses alliés, leur fournit deux E2PZ pour que la cité puisse se rendre dans la Voie lactée et défendre la Terre…